Thủ Tục Chấm Dứt Hoạt Động Chi Nhánh Công Ty TNHH Mới Nhất

Tư vấn Long Phan hỗ trợ doanh nghiệp xử lý thủ tục chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH đúng trình tự pháp luật hiện hành, tránh bị treo mã số thuế hoặc bị xử phạt vì chậm thông báo. Đây là thủ tục kép: doanh nghiệp phải hoàn tất nghĩa vụ thuế tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh trước, sau đó mới nộp hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động tại Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh. Bài viết dưới đây trình bày đầy đủ điều kiện, hồ sơ, trình tự và mức xử phạt theo quy định đang có hiệu lực.

Điều kiện và thẩm quyền quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH

Việc chấm dứt hoạt động chi nhánh chỉ hợp lệ khi đúng người có thẩm quyền ra quyết định và chi nhánh đã xử lý dứt điểm nghĩa vụ thuế trước khi nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh. Theo Điều 213 Luật Doanh nghiệp 2020 (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 24 Điều 1 Luật số 76/2025/QH15, có hiệu lực từ 01/7/2025), chi nhánh chấm dứt hoạt động theo quyết định của chính doanh nghiệp hoặc theo quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Thẩm quyền ra quyết định theo loại hình công ty TNHH (chủ sở hữu / Hội đồng thành viên)

Với công ty TNHH một thành viên, chủ sở hữu công ty là người ra quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh; văn bản thể hiện dưới dạng Quyết định của chủ sở hữu. Với công ty TNHH hai thành viên trở lên, thẩm quyền thuộc về Hội đồng thành viên; doanh nghiệp cần có Nghị quyết hoặc Quyết định của Hội đồng thành viên kèm Biên bản họp thể hiện việc biểu quyết thông qua. Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp ký thông báo gửi Cơ quan đăng ký kinh doanh; trường hợp ủy quyền cho người khác nộp hồ sơ thì phải có văn bản ủy quyền hợp lệ.

Điều kiện tiên quyết — hoàn thành nghĩa vụ thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi nộp hồ sơ ĐKKD

Theo khoản 1 Điều 66 Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp, trước khi đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh, doanh nghiệp và chi nhánh phải đăng ký với cơ quan thuế để hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Khoản 2 Điều 66 Nghị định này quy định tiếp: trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh, doanh nghiệp gửi hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh đến Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi đặt chi nhánh. Hai mốc thời gian này ràng buộc lẫn nhau: Cơ quan đăng ký kinh doanh không tiếp nhận hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh nếu doanh nghiệp chưa có xác nhận hoàn tất nghĩa vụ thuế từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh.

Hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH

Doanh nghiệp phải chuẩn bị song song hai bộ hồ sơ độc lập, nộp tại hai cơ quan khác nhau và không thể gộp thành một bộ duy nhất: hồ sơ xử lý tại cơ quan thuế và hồ sơ xử lý tại Cơ quan đăng ký kinh doanh.

Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế chi nhánh nộp tại cơ quan thuế

Hồ sơ gồm: Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo Mẫu số 24/ĐK-TCT ban hành kèm theo Thông tư số 90/2026/TT-BTC (thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC); các tài liệu chứng minh đã hoàn thành nghĩa vụ thuế (quyết toán thuế, xác nhận không còn nợ thuế nếu cơ quan thuế yêu cầu); trường hợp chi nhánh từng có hoạt động xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần thêm văn bản đề nghị xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế xuất nhập khẩu gửi cơ quan hải quan. Hồ sơ nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày có quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh.

Hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh nộp tại Phòng Đăng ký kinh doanh

Căn cứ khoản 3 Điều 66 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh gồm: Thông báo về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh theo Mẫu số 28 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 68/2025/TT-BTC; bản sao hoặc bản chính Nghị quyết hoặc quyết định về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh của chủ sở hữu (đối với công ty TNHH một thành viên) hoặc của Hội đồng thành viên kèm biên bản họp (đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên); bản gốc Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh (nếu có); văn bản ủy quyền nộp hồ sơ theo Điều 12 Nghị định 168/2025/NĐ-CP kèm giấy tờ pháp lý của người được ủy quyền, trường hợp người nộp hồ sơ không phải là người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp.

>>>Xem thêm: Quy trình cấp giấy phép xuất nhập khẩu hàng hóa mới nhất

Trình tự, thời hạn thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH

Thủ tục chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH tuân theo trình tự bắt buộc gồm ba bước: xử lý nghĩa vụ thuế trước, nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh sau, và cuối cùng là bước cập nhật, công bố thông tin của cơ quan nhà nước. Doanh nghiệp không được đảo ngược thứ tự này.

Bước 1 – Hoàn tất nghĩa vụ thuế và chấm dứt hiệu lực mã số thuế chi nhánh

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày có quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh, doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh. Cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu nghĩa vụ thuế còn tồn đọng (nếu có) và ra thông báo xác nhận chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Đây là căn cứ bắt buộc để chuyển sang bước tiếp theo.

Bước 2 – Nộp hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động tại Phòng Đăng ký kinh doanh cấp tỉnh

Sau khi có xác nhận hoàn tất nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp nộp hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh tại Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi chi nhánh đặt trụ sở. Theo Điều 20 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, cơ quan này nay là đơn vị chuyên môn thuộc Sở Tài chính tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, không còn thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư như trước 01/7/2025. Theo khoản 2 Điều 66 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, thời hạn nộp hồ sơ là 10 ngày kể từ ngày ra quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh; do đó doanh nghiệp cần chủ động xử lý song song thủ tục thuế ngay khi ra quyết định để không bị vượt mốc thời hạn chung.

Bước 3 – Cơ quan đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng pháp lý và công bố thông tin

Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cơ quan đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng pháp lý của chi nhánh trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và gửi thông báo xác nhận chấm dứt hoạt động chi nhánh cho doanh nghiệp. Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, cơ quan đăng ký kinh doanh ra thông báo bằng văn bản yêu cầu doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung.

>>>Xem thêm: Quy trình nhập khẩu hàng hóa: Hướng dẫn từ A đến Z

So sánh hồ sơ theo loại hình công ty TNHH một thành viên và hai thành viên trở lên

Hai loại hình công ty TNHH áp dụng chung một quy trình và chung thời hạn theo Điều 66 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, chỉ khác nhau ở văn bản thể hiện thẩm quyền quyết định nội bộ. Bảng dưới đây đối chiếu cụ thể từng tiêu chí kèm căn cứ pháp lý áp dụng.

Mức xử phạt khi chậm hoặc không thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH

Chi nhánh đã ngừng hoạt động trên thực tế nhưng chưa được thông báo hợp lệ với Cơ quan đăng ký kinh doanh vẫn bị coi là đang tồn tại về mặt pháp lý — doanh nghiệp tiếp tục phát sinh nghĩa vụ báo cáo, dễ bị xử phạt và ảnh hưởng đến các thủ tục khác của công ty mẹ như giải thể, thay đổi đăng ký kinh doanh.

Mức phạt vi phạm về thời hạn đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh

Theo điểm b khoản 1 Điều 54 Nghị định 122/2021/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế hoạch và đầu tư, hành vi chấm dứt hoạt động của chi nhánh mà không thông báo cho Cơ quan đăng ký kinh doanh bị phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng đối với tổ chức. Theo khoản 2 Điều 4 Nghị định này, mức phạt đối với cá nhân bằng một phần hai mức phạt đối với tổ chức, tức từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng.

Biện pháp khắc phục hậu quả kèm theo

Theo khoản 2 Điều 54 Nghị định 122/2021/NĐ-CP, ngoài phạt tiền, doanh nghiệp còn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả là buộc thông báo cho Cơ quan đăng ký kinh doanh về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh. Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực đăng ký doanh nghiệp là 1 năm kể từ thời điểm chấm dứt hành vi vi phạm.

>>>Xem thêm: Dịch vụ thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp

Lỗi thường gặp khiến hồ sơ bị trả lại hoặc kéo dài thời gian xử lý

• Nộp hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh tại Cơ quan đăng ký kinh doanh trước khi có xác nhận hoàn tất nghĩa vụ thuế từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Văn bản quyết định nội bộ không đúng thẩm quyền — ví dụ công ty TNHH hai thành viên trở lên chỉ có chữ ký của một thành viên mà thiếu Nghị quyết/Biên bản họp Hội đồng thành viên.
• Sử dụng mẫu thông báo hoặc mẫu văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế đã lỗi thời, không đúng phiên bản đang áp dụng.
• Không nộp lại bản gốc Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh khi cơ quan đăng ký kinh doanh yêu cầu.
• Chi nhánh còn nợ thuế, chưa quyết toán hóa đơn điện tử hoặc chưa xử lý dứt điểm nghĩa vụ bảo hiểm xã hội của người lao động tại chi nhánh, khiến cơ quan thuế từ chối xác nhận hoàn tất nghĩa vụ.
• Vượt quá thời hạn 10 ngày kể từ ngày ra quyết định mà chưa nộp hồ sơ tại cả hai cơ quan, dẫn đến rủi ro bị xử phạt dù hồ sơ sau đó vẫn được tiếp nhận.

Dịch vụ soạn hồ sơ, làm việc với cơ quan thuế và đại diện nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh

Tư vấn Long Phan cung cấp dịch vụ trọn gói thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động chi nhánh, bao gồm các công việc cụ thể sau:

• Rà soát thẩm quyền nội bộ và soạn thảo Quyết định/Nghị quyết chấm dứt hoạt động chi nhánh đúng loại hình công ty TNHH.
• Soạn hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo mẫu hiện hành và làm việc trực tiếp với cơ quan thuế quản lý chi nhánh để xử lý các vướng mắc về nghĩa vụ thuế còn tồn đọng.
• Soạn và nộp hồ sơ đăng ký chấm dứt hoạt động chi nhánh tại Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh.
• Theo dõi tiến độ xử lý hồ sơ tại cả hai cơ quan, chủ động cập nhật tình trạng cho doanh nghiệp.
• Xử lý hồ sơ bị yêu cầu bổ sung, sửa đổi để rút ngắn thời gian hoàn tất thủ tục.

Quý khách có thể gửi hồ sơ vụ việc qua email info@longphanpmt.com hoặc Zalo 0906.735.386 để được đánh giá sơ bộ.

Câu hỏi thường gặp hồ sơ, thủ tục chấm dứt hoạt động kinh doanh

Dưới đây là các vướng mắc doanh nghiệp thường gặp nhất trong quá trình chuẩn bị và nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh, được Tư vấn Long Phan giải đáp dựa trên căn cứ pháp lý hiện hành.

Kết luận

Chấm dứt hoạt động chi nhánh công ty TNHH đòi hỏi thực hiện đúng thứ tự bắt buộc: xử lý dứt điểm nghĩa vụ thuế trước, sau đó mới nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh, và tuân thủ nghiêm thời hạn 10 ngày kể từ ngày ra quyết định để tránh bị xử phạt đến 30 triệu đồng. Tư vấn Long Phan đồng hành cùng doanh nghiệp trong toàn bộ quy trình này, từ soạn hồ sơ nội bộ đến làm việc với cơ quan thuế và Cơ quan đăng ký kinh doanh. Liên hệ hotline 1900636389 để được hỗ trợ kịp thời.